在三国志战略版中进行武将调整是优化部队配置的核心操作，但需要明确的是，游戏并未开放玩家之间的武将直接赠送或交易功能，所有武将的所有权均局限于单个账号内部，获取途径主要依赖于招募、签到与赛季活动等独立系统。玩家若想对已有的武将资源进行调配，主要指的是在自身账号内，对已编入部队或未编队的武将进行位置调换、替换上阵或通过内部兑换系统将其转化为其他资源。
部队内部的武将互换是其基础功能，操作需在城池内完成而非主任务栏界面。进入城池后，点击屏幕下方显示的部队板块即可进入重新编制界面，在此可以进行主将与副将的位置对调，但通常建议由实力更强的武将担任主将。若需彻底更换队伍中的某个武将，需要点击目标武将卡牌上的下阵选项，该武将会离队并带走部分士兵，导致部队兵力暂时下降。随后点击空出的副将位置，从拥有的所有武将列表中筛选并点击新武将的上阵选项，完成选择后必须进行快速分兵操作，为新增的武将分配兵力，最后确认分兵才能成功完成更换。
一种更为高效的队伍组建方法是利用空白编队替换法。玩家需要先提升军舍等级以解锁更多的队伍编制空位，创建一个新的空白队伍，并将所有部队的兵种预先统一。之后便可在编制界面中，自由地将心仪的武将添加至空白队伍，或直接将现有队伍中因重伤、体力不足等原因需要替换的武将拖拽至空白队伍中完成置换，此方法能直观地看到武将的兵种适性、统御值及等级，便于组建出符合统御值上限且战力满意的队伍。
除了直接的部队编制调整，游戏内也存在以武将作为材料进行内部兑换的机制，这同样是一种资源的交换。玩家可以通过求贤令系统，消耗特定资源来定向兑换自己想要的五星武将。在事件战法兑换中，玩家需要献祭指定的武将卡牌来换取强大的特殊战法，例如用庞德等武将兑换铁骑驱驰等战法，这要求玩家对冗余或战略性放弃的武将卡进行规划处理。赛季结束后，装备会被自动拆解成材料返还，玩家可利用这些材料和功勋、战功等在相应商店中兑换包括特技道具在内的各类资源，这也是一种间接的资源流转方式。
营帐作为临时基地也支持进行武将的互换，玩家可以在营帐内更换部队中的武将，但不能更换兵种。此功能便于玩家在远离主城的前线进行快速的兵力调配和武将轮换，营帐还能提供满士气出击和征兵补兵的便利，但征兵会消耗铜币。在三国志战略版中，所谓的武将交换实质是玩家在自身战略体系内对武将资源的调度、替换与转化，理解并熟练运用部队编制、内部兑换及营帐功能，是有效管理武将阵容、提升队伍战力的关键。
