二次改造是游戏后期提升主城综合实力的关键环节，它主要覆盖了资源生产区、城内建筑以及相关功能系统。
二次改造的核心对象是主城内的五大资源区，其标准改造顺序通常为民居、木场、农田、兵营以及矿产区，这一顺序系统性地提升资源产出和兵力储备的基础效率。当所有资源区依次完成二次改造后，主城界面将出现新的功能入口，例如在皇城上方可以看到募集资源图标，这标志着改造进入新阶段。完成最终的资源募集后，玩家能够解锁如主公酒宴这类高级功能，参加酒宴不仅能瞬间为所有武将补满兵力，还能提供大量武将经验，并设有每日额外犒赏，这些均是二次改造带来的直接且重要的增益。
除了资源区的整体升级，特定建筑的二次改造有独立的前提条件。民居、农场、木场等建筑的二次改造并非随意开启。以居民或农场的二次改造为例，它要求玩家必须完成171级的解救马钧副本，同时农场等级需要达到165级，并且木场的首次改造必须全部完成。在满足这些条件后，系统通常会通过NPC赠送一定数量的改造图纸，但改造过程需遵循既定规则，例如必须从该建筑的第一块地或第一个位置开始逐步进行。
木场的二次改造同样是一个独立且重要的部分，其开启通常与主城等级和特定任务挂钩，例如需要完成解救嫘祖后裔等任务。进行改造前，充足的资源储备是基础，包括木材、金币和粮食等。改造过程需要在建筑管理界面中提交资源并耗时完成，其间生产会暂停。改造成功后的木场将获得显著的效率提升，例如更高的资源产出率、更快的生产速度或更大的存储容量，有时还能解锁减少资源消耗等特殊效果，这对王国中后期的资源供给至关重要。
兵营的二次改造也是整体战略的一环，它直接关系到部队的征募速度和规模，是提升军事实力的重要基础。与之类似，主城本身的第二次改造作为一项重要更新，其意义在于全面解锁新的技能系统、副将席位，并对城市外观进行美化，例如升级道路等，这些都能从防御、发展和资源获取等多个维度提升玩家的硬实力与软实力。
它不仅改造了具体的建筑实体，如农田、木场、兵营和民居，更通过这一过程解锁了诸如酒宴、新技能等深层游戏功能。完成全部改造后，玩家将获得包括防御属性提升、更多建筑权限、技能以及持续的资源道具奖励在内的全方位好处，为后续的国战与发展奠定坚实基础。
