金庸群侠传3中最厉害的内功当属易筋经和北冥神功，这两门武学堪称游戏中的顶级配置。易筋经作为少林至宝，内功效果第一强悍，不仅能大幅提升角色的生命值和内力上限，还能增强防御能力。北冥神功则是开挂级的存在，可以吸取敌人内力转化为自身修为，内力短缺时堪称最佳补法。这两门内功的获取难度较高，需要玩家付出一定努力才能习得。
获得易筋经，需要购买夜行衣潜入少林寺藏经阁偷取，身法属性要达到100以上才不容易被发现。北冥神功则需要先完成擂鼓山棋局任务，然后在无量山洞遇到段誉时获得。这两门内功的修炼都需要较高的根骨和悟性属性作为基础，建议在前期就注重培养这两项属性。易筋经属于正统内功心法，而北冥神功则偏向邪派武学，选择时需要考虑角色当前的侠义值。
除了这两门顶级内功外，九阳神功和九阴真经也是相当不错的选择。九阳神功不用多说，是江湖公认的一流武功，能够全面提升角色各项属性。九阴真经研习后可学得九阴白骨爪，与九阳神功齐名，同样威力惊人。这两门内功的获取相对容易些，可以通过完成特定任务或击败特定BOSS获得，适合作为过渡时期的内功选择。
在游戏中期，可以考虑修炼葵花宝典或辟邪剑法配套的内功心法。虽然这些武功需要付出一定代价才能习得，但带来的实力提升是实打实的。葵花宝典的内功核心深湛至极，东方不败就是最好的证明。辟邪剑法虽然属于速成版武学，但攻击力和速度都相当出色，在特定场合能发挥奇效。
比如降龙十八掌这类拳掌类武功最好搭配易筋经或九阳神功，而独孤九剑等剑法则更适合与北冥神功配合使用。同时也要考虑角色当前的属性成长路线，根骨高的适合修炼易筋经，悟性高的则更适合九阴真经这类需要领悟力的内功。
